Le Jardin Botanique de Marnay-sur-Seine a été fondé en décembre 1995 à l'initiative de l'artiste plasticien et botaniste Didier Rousseau-Navarre. Soutenue financièrement par la fondation Ténot, le Conseil Général de l’Aube, Le Conseil Régional de Champagne-Ardenne, l'Association Jardin Botanique de Marnay-sur-Seine a créé et inauguré en juin 1999 le premier jardin botanique de Champagne-Ardenne.
Il est soutenu aujourd’hui par le Conseil départemental de l'Aube.
Alors qu’il mesurait 5 000 m2 en 1999, il s’est agrandi depuis 2001 à 2 hectares sur des terrains appartenant à la commune.
Ce jardin a obtenu et conservé depuis 2002 l’agrément Jardin Botanique de France et des Pays Francophones. Il détient également depuis 2009 le label Jardin remarquable. Ce lieu est principalement destiné à l'éducation à l'environnement, à l'initiation aux sciences naturelles ainsi qu'à la sensibilisation aux enjeux environnementaux. En tant que Jardin Botanique de France agréé, il contribue à des missions de recherches scientifiques et conservatoires.
Depuis l'automne 2013 l'association a ouvert une résidence, la Maison Verte qui accueille des artistes dans le cadre du programme artistique et mésologique « Pays'art » rédigé par Didier Rousseau-Navarre. Ouvert aux artistes de toutes nationalités, c'est un espace où l'artiste est invité à développer un processus de création impliquant l'environnement, le patrimoine culturel local et la nature. La Maison Verte accueille des artistes en résidence (création et exposition).
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