La primatiale Saint-Jean-Baptiste-et-Saint-Étienne (dite aussi, plus simplement, cathédrale Saint-Jean) est le siège épiscopal de l'archidiocèse de Lyon. Elle a rang de cathédrale et de primatiale : l'archevêque de Lyon a le titre de primat des Gaules.
Elle est située dans le cinquième arrondissement de Lyon, au cœur du quartier médiéval et Renaissance du Vieux Lyon, dont elle est un des éléments marquants. Au Moyen Âge, elle faisait partie d'un complexe d'églises et d'autres bâtiments ecclésiaux, le groupe cathédral, qui comprenait entre autres les églises Saint-Étienne et Sainte-Croix, détruites à la Révolution, ainsi que l'actuelle manécanterie.
Originellement, l'église a été consacrée sous le patronage de saint Étienne, tandis que son baptistère était consacré sous celui de saint Jean-Baptiste, mais, comme cela est fréquent, le vocable du baptistère s'est ensuite appliqué dans la désignation courante. La première cathédrale dont l'existence est attestée, et que les sources de l'époque se contentent d'appeler maxima ecclesia, c'est-à-dire la « grande église », a été bâtie par Patient. La seconde, plus grande et datée du IXe siècle, est l'œuvre de Leidrade.
L'édifice actuel est un projet de longue haleine, porté dans sa conception par trois archevêques successifs au moment où l'architecture occidentale bascule du roman au gothique : Guichard de Pontigny envisage et entame la construction d'une église romane, Jean Belles-mains entame la transformation de l'édifice en un ouvrage gothique dont les ressorts techniques ne sont pas encore pleinement maîtrisés, enfin Renaud de Forez transforme le projet, grâce à l'évolution des savoir-faire, pour donner à la cathédrale son aspect actuel. La construction s'étale sur trois siècles, de 1175 à 1480. Le site contraint, entre colline et rivière, ainsi que les luttes politiques entre les différentes puissances régentant Lyon au Moyen Âge central, ont empêché la cathédrale de disposer d'un terrain aussi vaste et aussi favorable que ses concepteurs l'auraient souhaité. Par ailleurs, l'absence du savoir-faire particulier des bâtisseurs de cathédrale du Bassin parisien est une des causes de la relative modestie des dimensions et de l'ornementation de Saint-Jean.
Fortement endommagée par les Guerres de Religion en 1562, puis par la Révolution française et le siège de Lyon en 1793, la primatiale est restaurée au XIXe siècle. Les premiers travaux sont assez modestes et fortement empreints de classicisme ; mais cette politique change vigoureusement avec l'arrivée d'un nouvel architecte, Tony Desjardins, qui donne un élan inédit à la restauration. De son point de vue, non seulement les travaux doivent rendre à l'église son aspect médiéval, mais cet aspect est à sublimer pour faire de Saint-Jean une « cathédrale idéale » reflétant l'esprit gothique du XIIIe siècle. Ces travaux de modification de l'aspect de la cathédrale comprennent un relèvement de la charpente et l'ajout de flèches. Devant les critiques virulentes, ils ne sont pas tous réalisés. Au XXe siècle, les travaux d'embellissement et de réparation se poursuivent, mais la guerre interrompt les travaux. En septembre 1944, le retrait des troupes allemandes s'accompagne de sabotages, qui touchent indirectement l'édifice, brisant la plupart de ses vitraux. La remise en état des verrières, puis des façades et de l'aménagement intérieur, constitue l’essentiel des actions menées durant la seconde partie du XXe siècle et le début du XXIe siècle.
La primatiale est classée monument historique depuis 1862. Outre cette protection, elle est intégrée depuis le 12 mai 1964 dans le premier secteur sauvegardé de France. Enfin, le 5 décembre 1998, elle a été reconnue patrimoine mondial au titre de sa localisation dans le site historique de Lyon.
Lieu de culte et de prière, la cathédrale est la première église de l'archidiocèse de Lyon, mais aussi une des églises paroissiales du Vieux Lyon. Elle est demeurée durant des siècles le lieu par excellence de l'expression du rite lyonnais, un des rites de l'Église catholique, notamment du fait de l'attachement du chapitre des chanoines à cette forme liturgique. Cette particularité locale vaut notamment à la primatiale d'avoir été la dernière cathédrale française à se doter d'un orgue (en 1841), et explique en partie la modestie de celui-ci.
C'est aussi un lieu touristique fort prisé, pour sa localisation, pour les animations particulières qui y sont organisées, notamment durant la fête des Lumières, mais également pour son horloge astronomique du XIVe siècle (restaurée en 2021).
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