La ville impériale de Mulhouse puis république de Mulhouse (en allemand : Stadtrepublik Mülhausen, en latin : Res publica Mulhusina) est une ancienne cité-État, d'abord membre du Saint-Empire romain entre 1308 et 1515, puis devenue un territoire indépendant allié à l'ancienne Confédération suisse jusqu'en 1798.
Village mentionné dès le IXe siècle, Mulhouse devient une ville au Moyen Âge notamment avec la construction d'un mur d'enceinte au début du XIIIe siècle. Ses habitants se dotent d'institutions sous l’autorité des princes-évêques de Strasbourg et des souverains du Saint-Empire. Ces derniers lui accordent une charte de franchises et différents droits à la fin du XIIIe siècle. En 1308, le statut de « ville d'Empire » est accordée par Henri VII à Mulhouse,. Les institutions municipales sont établies au milieu du XIVe siècle avec l'élection d'un bourgmestre puis l'entrée des représentants des corporations au conseil de la ville en 1347.
Avec les autres villes impériales de la plaine d'Alsace, Mulhouse forme en 1354 une alliance connue sous le nom de Décapole qui doit garantir une assistance réciproque entre ses dix membres face aux menaces extérieures. Lors de la guerre des six Deniers entre 1466 et 1468, la cité affronte la noblesse de Haute-Alsace et des villes de Brisgau, vassales des Habsbourg qui possèdent l'Autriche antérieure. Abandonnée par ses alliées, Mulhouse reçoit l'aide de plusieurs cantons suisses et gagne la guerre. Face à de nouvelles menaces d'annexion par les territoires héréditaires des Habsbourg, la cité s'allie au canton de Bâle en 1506. Ces différentes crises provoquent un éloignement progressif de la Décapole que Mulhouse quitte définitivement en 1515 lorsqu'elle signe un traité d'alliance avec l'ensemble de la Confédération des XIII cantons. La cité se détache de l'autorité du Saint-Empire et obtient le statut de « pays allié de la Confédération ».
La Réforme protestante est adoptée en 1529 par les autorités municipales qui suivent les thèses d'Ulrich Zwingli. Grâce à son alliance avec les cantons suisses, la ville est épargnée par la guerre de Trente Ans qui ravage la région. Les traités de Westphalie de 1648 accordent au Roi de France les possessions autrichiennes en Haute-Alsace et des droits sur les villes de la Décapole. Alors que celles-ci sont rattachées au royaume de France au XVIIe siècle, Mulhouse conserve son indépendance et devient une enclave au milieu du territoire français. La cité devient un foyer de la révolution industrielle à partir de 1746 grâce aux manufacturiers qu'elle accueille. À ce titre la ville est surnommée par la suite le « Manchester français »[réf. nécessaire].
À la suite de la Révolution française, un blocus douanier et des menaces d'annexion par l'armée révolutionnaire contraignent les dirigeants de Mulhouse à renoncer à l'indépendance et à voter en faveur du rattachement à la France en 1798, peu de temps avant l'invasion française de la Suisse.
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